24 Ocak 2015 Cumartesi

generation sequencing data

HomSI - Homozygous Stretch Identifier from next-generation sequencing data

In consanguineous families, as a result of inheriting the same genomic segments through both parents, the individuals have stretches of their genomes that are homozygous. This situation leads to the prevalence of recessive diseases among the members of these families. Homozygosity mapping is based on this observation and several recessive disease genes have been discovered with the help of this technique in consanguineous families. The researchers typically use SNP arrays to determine the homozygous regions and then search for the disease gene by sequencing the genes within this candidate disease loci.

Biyosensörler

BİLGEM, bir TÜBİTAK araştırma merkezi olarak, Türkiye'nin en iyi altyapılarından birine sahiptir ve özellikle optoelektronik ve mikroelektronik alanlarda ileri teknoloji araştırma ve ürün geliştirmede kendisini ispat etmiş bir kurumdur. Ayrıca yazılım teknolojileri ve veri güvenliği de BİLGEM bünyesindeki uzmanlıklardandır. BİLGEM'de bulunan opto/mikroelektronik ve yazılım mühendisliği yetkinlikleri

DNA Haplotip Analizi

DNA Haplotip Analizi
Tek bir birim olarak kalıtımla geçen, birbirleriyle yakın bağlantılı gen gruplarının allel dizisi haplotipi oluşturur. Aile ağacının (pedigrii) temel kurucusu anne ve babanın sahip olduğu haplotiplerin çocuklara (offspring) nasıl aktarıldığı haplotip analizi çalışmalarının temelini oluşturur. Merkezimizde haplotip analizi ile aşağıdaki sorulara çözüm bulmaya çalışılmaktadır.
    
i) Homozigotluk Haritalaması:

Yeni Nesil Genom Dizileme Sempozyumu



Tübitak Yeni Nesil Genom Dizileme Sempozyumu Düzenlendi

3 Kasım 2014 tarihinde Cemile Sultan Korusunda, TÜBİTAK Yeni Nesil Genom Dizileme Sempozyumu gerçekleştirildi. Türkiye Bilim, Sanayi ve Teknoloji Bakan Yardımcısı Prof. Dr. Davut KAVRANOĞLU ve Tübitak Bilgem Merkez Başkanı Prof. Dr. A. Arif ERGİN' in ve UEKAE Müdürü Doç. Dr. Fatih Üstüner'in de katılımları ile gerçekleştirilen etkinlik;  konu ile ilgili üniversitelerden, Sağlık Bakanlığı ve Kamu Kurumlarından, genetik danışmanlığı veren özel kuruluşların da katılımıyla ülkemizde genom dizileme üzerinde fikir alışverişlerinin yapıldığı, etkili ve verimli bir sempozyum olmuştur.

19 Ocak 2015 Pazartesi

DNA Sequencing Agarose Gel Electrophoresis MOVİES

DNA Sequencing Agarose Gel Electrophoresis

Fundamentals of Biology focuses on the basic principles of biochemistry, molecular biology, genetics, and recombinant DNA. These principles are necessary to understanding the basic mechanisms of life and anchor the biological knowledge that is required to understand many of the challenges in everyday life, from human health and disease to loss of biodiversity and environmental quality.

16 Ocak 2015 Cuma

New Generation DNA Sequencing


Yeni Nesil DNA Dizileme - New Generation DNA Sequencing

Duran Üstek , Neslihan Abacı , Sema Sırma, Aris Çakiris 
Genetik AD, Deneysel Tıp Araştırma Enstitüsü, 
İstanbul Üniversitesi, İstanbul, Türkiye 

New Generation DNA Sequencing 
Abstract
 Next-generation sequencing has a potential to dramatically accelerate biological research, by enabling the comprehensive analysis of genomes, transcriptomes and DNA-protein interactions to become inexpensive, routine and widespread. The next-generation sequencing technologies offer novel and rapid ways for genome-wide characterisation and profiling of mRNAs, small RNAs, transcription factor binding regions, structure of chromatin and DNA methylation patterns, ancient DNA, microbiology and metagenomics. This review discusses next generation sequencing technologies, recent advances in next generation sequencing systems and applications for next generation technologies.

9 Ocak 2015 Cuma

DNA computing is a form of computing which uses DNA, biochemistry and molecular biology, instead of the traditional silicon-based computer technologies. DNA computing, or, more generally, biomolecular computing, is a fast-developing interdisciplinary area. Research and development in this area concerns theory, experiments, and applications of DNA computing. The term "molectronics" has sometimes been used, but this term had already been used for an earlier technology, a then-unsuccessful rival of the first integrated circuits; this term has also been used more generally, for molecular-scale technology.

Contents 
1 History
2 Capabilities
3 Methods
3.1 DNAzymes
3.2 Enzymes
3.3 Toehold exchange
3.4 Algorithmic self-assembly
4 See also
5 References
6 Further reading
7 External links

DNA sequencing

DNA sequencing is the process of determining the precise order of nucleotides within a DNA molecule. It includes any method or technology that is used to determine the order of the four bases—adenine, guanine, cytosine, and thymine—in a strand of DNA. The advent of rapid DNA sequencing methods has greatly accelerated biological and medical research and discovery.

8 Ocak 2015 Perşembe

DNA Dizisi & Genetik Dizi

dna dizileme
DNA dizisi veya genetik dizi, gerçek veya hayalî bir DNA] molekülü veya ipliğinin birincil yapısına karşılık gelen harfler dizisidir.
Bu dizide bulunan harfler A, C, G, ve T 'dir, bunlar DNA ipliğinde bulunan adenin, sitozin, guanin, ve timin adlı dört bazı temsil eder. Tipik olarak bu diziyi oluşturan harfler birbirine bitişik olarak, aralarda boşluk olmaksızın yazılır, örneğin AAAGTCTGAC gibi; bu dizinin soldan sağa okunuşu 5'-3' doğrultusuna karşılık gelir.
Fonksiyona göre bir DNA dizisine anlamlı veya anti-anlamlı ve kodlayan veya kodlamayan olarak değinilebilir.
Bir DNA molekülünün baz dizisinin okunmasına DNA dizilemesi denir.

Dna Sequence

DNA dizilemesinde önemli aşamalar


DNA Amplifikasyon ve klonal seleksiyon

DNA Amplifikasyon ve klonal seleksiyon

Büyük ölçekli dizilemenin amacı, kromozom gibi çok uzun DNA parçalarını dizilemektir. Yaygın kullanılan yollardan biri büyük DNA parçalarını restriksiyon enzimleri veya mekanik güçler kullanarak küçük parçalara ayırmaktır. Parçalanmış DNA bir DNA vektörü içine klonlanır ve Escherichia coli içinde çoğaltılır. Her bir bakteriyel koloniden saflaştırılan kısa DNA parçaları ayrı ayrı dizilenir ve tek bir uzun, bitişik dizi şeklinde elektronik olarak birleştirilir.

Bu yöntem DNA dizisi hakkında bir ön bilgi gerektirmez ve de novo dizileme olarak adlandırılır. Birleştirilmiş dizideki boşluklar primer yürümesi yapılarak doldurulabilir. Farklı stratejilerin hız ve doğruluk açısından farklı avantajları vardır; saçma yöntemleri (İng. shotgun sequencing) çoğu zaman büyük genomları dizilemekte kullanılır ama elde edilen verinin birleştirmesini yapmak karmaşık ve zordur, özelikle dizi tekrarlarının neden olduğu bölgelerde.

7 Ocak 2015 Çarşamba

DNA NASIL KENDİNİ KLONLAR (ingilizce)

Bu videoda DNA'nın Nasıl Kendini Klonladıgını izleyebilirsiniz.

Türklerin DNA Örnekleri


Degerli arkadaslar bu yazımızı bir üniveriste hazırlasada toplumun icindeki kültürü kimse bilemez...
gercekden DNA mız diger millet insanları ile bir birine benzeye bilir ama bu demekki Türklük elden gidiyor, Türkiyede Türk az bu sadece bir arastırma sonucu olarak görülmelidir.
Sonucda Hepimiz insanız ve İnsanlar bir birine devamlı karısmaktadırlar.