generation sequencing data

HomSI - Homozygous Stretch Identifier from next-generation sequencing data

In consanguineous families, as a result of inheriting the same genomic segments through both parents, the individuals have stretches of their genomes that are homozygous. This situation leads to the prevalence of recessive diseases among the members of these families. Homozygosity mapping is based on this observation and several recessive disease genes have been discovered with the help of this technique in consanguineous families. The researchers typically use SNP arrays to determine the homozygous regions and then search for the disease gene by sequencing the genes within this candidate disease loci.

Biyosensörler

BİLGEM, bir TÜBİTAK araştırma merkezi olarak, Türkiye'nin en iyi altyapılarından birine sahiptir ve özellikle optoelektronik ve mikroelektronik alanlarda ileri teknoloji araştırma ve ürün geliştirmede kendisini ispat etmiş bir kurumdur. Ayrıca yazılım teknolojileri ve veri güvenliği de BİLGEM bünyesindeki uzmanlıklardandır. BİLGEM'de bulunan opto/mikroelektronik ve yazılım mühendisliği yetkinlikleri

DNA Haplotip Analizi

DNA Haplotip Analizi

Tek bir birim olarak kalıtımla geçen, birbirleriyle yakın bağlantılı gen gruplarının allel dizisi haplotipi oluşturur. Aile ağacının (pedigrii) temel kurucusu anne ve babanın sahip olduğu haplotiplerin çocuklara (offspring) nasıl aktarıldığı haplotip analizi çalışmalarının temelini oluşturur. Merkezimizde haplotip analizi ile aşağıdaki sorulara çözüm bulmaya çalışılmaktadır.

i) Homozigotluk Haritalaması:

Yeni Nesil Genom Dizileme Sempozyumu

Tübitak Yeni Nesil Genom Dizileme Sempozyumu Düzenlendi

3 Kasım 2014 tarihinde Cemile Sultan Korusunda, TÜBİTAK Yeni Nesil Genom Dizileme Sempozyumu gerçekleştirildi. Türkiye Bilim, Sanayi ve Teknoloji Bakan Yardımcısı Prof. Dr. Davut KAVRANOĞLU ve Tübitak Bilgem Merkez Başkanı Prof. Dr. A. Arif ERGİN' in ve UEKAE Müdürü Doç. Dr. Fatih Üstüner'in de katılımları ile gerçekleştirilen etkinlik;  konu ile ilgili üniversitelerden, Sağlık Bakanlığı ve Kamu Kurumlarından, genetik danışmanlığı veren özel kuruluşların da katılımıyla ülkemizde genom dizileme üzerinde fikir alışverişlerinin yapıldığı, etkili ve verimli bir sempozyum olmuştur.

DNA Sequencing Agarose Gel Electrophoresis MOVİES

DNA Sequencing Agarose Gel Electrophoresis

Fundamentals of Biology focuses on the basic principles of biochemistry, molecular biology, genetics, and recombinant DNA. These principles are necessary to understanding the basic mechanisms of life and anchor the biological knowledge that is required to understand many of the challenges in everyday life, from human health and disease to loss of biodiversity and environmental quality.

New Generation DNA Sequencing

Yeni Nesil DNA Dizileme - New Generation DNA Sequencing

Duran Üstek , Neslihan Abacı , Sema Sırma, Aris Çakiris 

Genetik AD, Deneysel Tıp Araştırma Enstitüsü, 

İstanbul Üniversitesi, İstanbul, Türkiye 

New Generation DNA Sequencing 

Abstract

 Next-generation sequencing has a potential to dramatically accelerate biological research, by enabling the comprehensive analysis of genomes, transcriptomes and DNA-protein interactions to become inexpensive, routine and widespread. The next-generation sequencing technologies offer novel and rapid ways for genome-wide characterisation and profiling of mRNAs, small RNAs, transcription factor binding regions, structure of chromatin and DNA methylation patterns, ancient DNA, microbiology and metagenomics. This review discusses next generation sequencing technologies, recent advances in next generation sequencing systems and applications for next generation technologies.

DNA computing is a form of computing which uses DNA, biochemistry and molecular biology, instead of the traditional silicon-based computer technologies. DNA computing, or, more generally, biomolecular computing, is a fast-developing interdisciplinary area. Research and development in this area concerns theory, experiments, and applications of DNA computing. The term "molectronics" has sometimes been used, but this term had already been used for an earlier technology, a then-unsuccessful rival of the first integrated circuits; this term has also been used more generally, for molecular-scale technology.

Contents 
1 History
2 Capabilities
3 Methods
3.1 DNAzymes
3.2 Enzymes
3.3 Toehold exchange
3.4 Algorithmic self-assembly
4 See also
5 References
6 Further reading
7 External links

DNA sequencing

DNA sequencing is the process of determining the precise order of nucleotides within a DNA molecule. It includes any method or technology that is used to determine the order of the four bases—adenine, guanine, cytosine, and thymine—in a strand of DNA. The advent of rapid DNA sequencing methods has greatly accelerated biological and medical research and discovery.

DNA Dizisi & Genetik Dizi

DNA dizisi veya genetik dizi, gerçek veya hayalî bir DNA] molekülü veya ipliğinin birincil yapısına karşılık gelen harfler dizisidir.

Bu dizide bulunan harfler A, C, G, ve T 'dir, bunlar DNA ipliğinde bulunan adenin, sitozin, guanin, ve timin adlı dört bazı temsil eder. Tipik olarak bu diziyi oluşturan harfler birbirine bitişik olarak, aralarda boşluk olmaksızın yazılır, örneğin AAAGTCTGAC gibi; bu dizinin soldan sağa okunuşu 5'-3' doğrultusuna karşılık gelir.

Fonksiyona göre bir DNA dizisine anlamlı veya anti-anlamlı ve kodlayan veya kodlamayan olarak değinilebilir.

Bir DNA molekülünün baz dizisinin okunmasına DNA dizilemesi denir.

Dna Sequence

DNA dizilemesinde önemli aşamalar

• 1953: DNA çifte sarmal yapısının keşfi.
• 1972: Rekombinant DNA teknolojisinin keşfi. 
• Bunun sayesinde tanımlı DNA parçalarının izolasyonu mümkün hâle gelmiştir. Bundan evvel dizilenebilen numeneler sadece bakteriyofaj veya virüs DNA'larıydı.
• 1977: İlk dizilenen DNA genom bacteriophage φX174.
• 1977: Allan Maxam ve Walter Gilbert "Kimyasal yıkım ile DNA dizilemesi" adlı makalelerini yayımladılar.^[5] Bağımsız olarak, Frederick Sanger, "Zincir sonlandırma inhibitörleri ile DNA dizilemesi" adlı makalesini yayımlıyor.
• 1984: Britanya'da Tıbbi Araştırma Derneği araştırmacıları Epstein-Barr virüsünün DNA dizisini (170 kb) yayımladılar .
• 1986: California Institute of Technology'de Leroy E. Hood'un laboratuvarı ve Smith ilk yarı otomatik DNA dizileme makinasını ilan ettiler.

DNA Amplifikasyon ve klonal seleksiyon

DNA Amplifikasyon ve klonal seleksiyon

Büyük ölçekli dizilemenin amacı, kromozom gibi çok uzun DNA parçalarını dizilemektir. Yaygın kullanılan yollardan biri büyük DNA parçalarını restriksiyon enzimleri veya mekanik güçler kullanarak küçük parçalara ayırmaktır. Parçalanmış DNA bir DNA vektörü içine klonlanır ve Escherichia coli içinde çoğaltılır. Her bir bakteriyel koloniden saflaştırılan kısa DNA parçaları ayrı ayrı dizilenir ve tek bir uzun, bitişik dizi şeklinde elektronik olarak birleştirilir.

Bu yöntem DNA dizisi hakkında bir ön bilgi gerektirmez ve de novo dizileme olarak adlandırılır. Birleştirilmiş dizideki boşluklar primer yürümesi yapılarak doldurulabilir. Farklı stratejilerin hız ve doğruluk açısından farklı avantajları vardır; saçma yöntemleri (İng. shotgun sequencing) çoğu zaman büyük genomları dizilemekte kullanılır ama elde edilen verinin birleştirmesini yapmak karmaşık ve zordur, özelikle dizi tekrarlarının neden olduğu bölgelerde.

DNA NASIL KENDİNİ KLONLAR (ingilizce)

Bu videoda DNA'nın Nasıl Kendini Klonladıgını izleyebilirsiniz.

Türklerin DNA Örnekleri

Degerli arkadaslar bu yazımızı bir üniveriste hazırlasada toplumun icindeki kültürü kimse bilemez...
gercekden DNA mız diger millet insanları ile bir birine benzeye bilir ama bu demekki Türklük elden gidiyor, Türkiyede Türk az bu sadece bir arastırma sonucu olarak görülmelidir.
Sonucda Hepimiz insanız ve İnsanlar bir birine devamlı karısmaktadırlar.

Dna İle Kemiklerin Tarihlendirilmesi

DNA İLE KEMİKLERİN YASINI HESAPLAMA

Günümüzde dünyada bir çok laboratuvar insan ve hayvan başta olmak üzere kemikleri analiz ederek  tarihleme yapabilmektedir. Bu tarihleme yönteminde en başta gelen DNA veya RNA analizine dayalı PCR (the polymerase chain reaction) yöntemi en fazla kullanılan bir yöntemdir. Bu yöntem ile yapılan testlerde örneğin bir küçük laboratuvar tüpü büyüklüğündeki bir kemik tozu için test ücretleri 400 € değerine kadar çıkabilmektedir.

PCR, Türkçeye Polimeraz Zincir Reaksiyonu olarak çevrilir ve canlı organizmasından arda kalan kemik, fosil gibi arkeolojik buluntuların Antik DNA (aDNA) kopyalarının çıkarılması ve amplifikasyonu için kullanılır. (Saikid, 1988). Uzun süre kontamine çevre koşulları altında kalarak aDNA ile yapılan tarihlendirmelerde yanıltıcı sonuçlar elde edliyor olması tehlikesine karşın günümüzde aDNA tarihlendirmelerdde 100.000 yıl geriye kadar gidilebilmektedir. 

DNA Zincir sonlandırma yöntemleri

DNA Zincir sonlardırma yöntemi nedir nerelerde kullanılır.

DNA Zincir sonlandırma yöntemi (veya Sanger yöntemi, onu geliştiren Frederick Sanger'e atfen) Maxam ve Gilbert yöntemine kıyasla daha verimli olduğu, daha az toksik kimyasal ve radyoaktivite gerektirdiği için kısa sürede hızla yaygınlaştı. Sanger yönteminin ana ilkesi zincir sonladırıcı olarak dideoksinükleotit trifosfatlar (ddNTP'ler) kullanılmasıdır.

Klasik zincir sonladırma yöntemi için tek iplikli bir DNA kalıp, bir DNA primeri, bir DNA polimeraz, normal deoksinükleotitfosfatlar (dNTP'ler) ve DNA zincir büyümesini sonladıran modifiye edilmiş nükleotitler (dideoksiNTP'ler, veya kısaca ddNTP'ler) kullanılır. Bu ddNTP'ler otomatik dizileme makinalarında otomatik olarak tespit edilebilmek için radyokatif veya floresan olarak işaretlenir. DNA numunesi dört ayrı dizileme reaksiyonu için paylaştırılır, bunlarda ortak olarakstandart deoksinükleotitler (dATP, dGTP, dCTP ve dTTP) ve DNA polimeraz bulunur.

DNA Babalik Testi Nasıl yapilir.

Babalik Testi Nasıl yapılır.

Günümüzde yapılan Babalık testlerinin dogruluk oranının cok yükseklerde oldugunu biliyormuydunuz. Bu oran % 99.999 gibi yüzbinde de 1 hata ile gerceklestirebilmektedir.

Babalık Testi icin gerekli örnekler: 

Babalık testi icin BABA'nın ve cocuk'dan alınacak örnekler yeterlidir.Test icin örnek almanın birden fazla yolu vardır, bunlardan en yaygın yöntemlerin biride kulak temizleme cubuguna benzeyen iki pamuksu cubuk ile agız kenarlarından alınan hücrelerle yapılabilmektedir.

Pink or Blue® DNA Testi nasıl çalışır?

Pink or Blue® DNA Testi nasıl çalışır?

Bir önceki Dna Erken cocuk cinsiyet testi yazımısın devamı, bir önceki yazımızı okumak icin lütfen tıklayınız.

On yılı aşkın bir süredir hamile kadınların kanının küçük miktarlarda fetal (cenine ait) DNA’sı ihtiva ettiği bilinmektedir. . DNA deoksiribonükleik asit demektir kişinin eşsizliğini belirleyen genetik bilgiyi içerir. DNA’mızın çoğu kromozom denilen ipliksi gövdelerdeki hücrelerimizin çekirdeğinin içindedir. İnsanlarda, 46 kromozom vardır, bunların ikisi X ve Y cinsiyet kromozomlarıdır (unutmayın XY erkek ve XX’de kadındır).

1990’larda, DNA’yı tanımlamak için polimerize zincir tepkime (PCR) ile DNA moleküllerinin segmentlerinin hızlı büyütülmesine dayalı çok hızlı, sağlam, duyarlı ve spesifik bir metot ortaya çıktı.
PCR, araştırmacıların küçük miktarda başlangıç malzemeden spesifik bir DNA serisinden
milyonlarca kopya üretmelerine kan sağlar. Y Kromozom DNA’sı bizim erkek bir çocuk
sahibi olmamız için gerekli olduğundan, testimiz bu sinyali yükselterek (bu spesifik
DNA’nın milyonlarca kopyasını yaratmak) Y kromozomsal DNA’sını arar. Küçük miktarda
Y DNA’sı bulmak çok zordur ve sonuçların kaliteli olması için çoklu kontroller
bulunmaktadır.

Dogacak Cocugun Cinsiyetini Ogrenmek

Dogacak Cocugunuzun Cinsiyetini Ögrenmek istemisiniz?

Hamile olduğunuzu öğrendikten sonra, güçlü bir ebeveyn bağı kurabilmek ve onunla (kız ya da erkek) yeni yaşamınızı daha canlı olarak düşünebilmeniz için bebeğinizin cinsiyetini öğrenmek istediniz mi?
Annelik bağının fiziksel ve ruhsal olduğunu gösteren çalışmalar, hastalıklara karşı savaşmak için anne ve bebek hücrelerinin birbirlerinin vücuduna geçtiğini göstermiştir.
“Ben hamileyim” kelimelerini duyduktan sonra, çoğu aile hemen bu çocuğun kız mı yoksa erkek mi olacağını düşünmeye başlar. Burada DNA bazlı cinsiyet testi olan
Pink or Blue® (Mavi mi Pembe mi)’yu sunuyoruz ve %95’in üzerinde çıkan doğruluğu (iç kalite geliştirme departmanımızın çalışmasına dayalı olarak bulunmuştur) sağlamak için kullanılan bilimsel yöntem hakkında detaylar veriyoruz. Misyonumuz size bebeğinizle daha erken bağ kurmanız için kullanabileceğiniz bilgiyi sağlamaktır.

DNA Maxam - Gilbert dizilemesi

1976-1977'de Harvard Universitesi'nden Allan Maxam and Walter Gilbert, DNA'nın kimyasal modifikasyonu ve ardından onun spesifik bazlarda kesilmesi esasına dayanan bir DNA dizileme yöntemi geliştirdi. Maxam ve Gilbert kimyasal dizileme yöntemi hakkındaki makale, Sanger ve Coulson'un artı-eksi dizilemesi hakkındaki makalesinden iki yıl daha sonra yayınlamasına rağmen, Maxam-Gilbert dizilemesi daha popüler oldu. Bunun nedeni, Maxam-Gilbert yönteminde saflaştırılmış DNA'nın doğrudan dizilenebilmesi, buna karşın ilk Sanger yönteminde tek iplikli DNA üretilebilmesi için okunacak her DNA'nın ayrıca klonlanmasının gerekmesiydi. Ancak, zincir sonladırma yönteminin zaman içinde iyileştirilmesiyle Maxam-Gilbert dizilemesi gözden düştü, zira teknik karmaşıklığı onun standart moleküler biyoloji kitlerinde kullanılmasına olanak vermiyordu, ayrıca zararlı kimyasallara gerek gösteriyordu ve ölçeklenmesinde zordu.

DNA Tarihi ( DNA sequence )

RNA dizilemesi nükleotit dizilemesinin en erken biçimlerinden oldu.
RNA dizilemesinin en önemli aşamaları, Gent Üniversitesi'nden (Gent, Belçika) Walter Fiers ve arkadaşlarının, 1972'de Bakteriyofaj MS2'ye ait bir genin, daha sonra 1976'da ise aynı bakteriyofajın tüm genomunun dizisi olmuştur.

Vucudumuzu Kaplayan DNA Nedir?

Dna nedir Dna Cesitleri Varmıdır?

Kalıtımda rol oynayan organik bir molekül. Bir nükleik asit çeşiti. "Deoksiribo nükleik asit" adını alır. Kısaca DNA olarak gösterilir. Canlılarda yönetici bir moleküldür. Hücrenin protein ve enzim sentezinde rol oynar. Ayrıca yeni bir hücre meydana getirecek gerekli elemanları taşıdığından hücre bölünmesinin esasını teşkil eder

İlk defa A.F.Miescwer adlı bir araştırıcı 19. yüzyılın sonlarında hücre çekirdeğini incelerken bu maddeleri fark etmiştir.

Ökaryotik hücrelerde DNA başlıca çekirdekte bulunmakla beraber az olarak mitokondri ve kloroplastlarda da vardır. Hücre çekirdeğinde bulunan kromatin, DNA ve buna bağlı proteinlerden yapılmıştır.