Yeni Nesil Genom Dizileme Sempozyumu

Tübitak Yeni Nesil Genom Dizileme Sempozyumu Düzenlendi

3 Kasım 2014 tarihinde Cemile Sultan Korusunda, TÜBİTAK Yeni Nesil Genom Dizileme Sempozyumu gerçekleştirildi. Türkiye Bilim, Sanayi ve Teknoloji Bakan Yardımcısı Prof. Dr. Davut KAVRANOĞLU ve Tübitak Bilgem Merkez Başkanı Prof. Dr. A. Arif ERGİN' in ve UEKAE Müdürü Doç. Dr. Fatih Üstüner'in de katılımları ile gerçekleştirilen etkinlik;  konu ile ilgili üniversitelerden, Sağlık Bakanlığı ve Kamu Kurumlarından, genetik danışmanlığı veren özel kuruluşların da katılımıyla ülkemizde genom dizileme üzerinde fikir alışverişlerinin yapıldığı, etkili ve verimli bir sempozyum olmuştur.

Sempozyum kapsamında; İGBAM(İleri Genom ve Biyoenformatik Araştırma Merkezi) projesinin gelişim süreci, İGBAM altyapısı kullanılarak yapılan araştırmalar hakkında üniversitelerimizden değerli katılımcıların sunumları, proje kapsamında gerçekleştirilen araştırma ve başarılar, genom dizilemenin geleceği ve İGBAM'ın bu resimdeki yeri konuları ele alınmıştır.  

İGBAM

İleri Genom ve Biyoenformatik Araştırma Merkezi (IGBAM), farklı yeteneklerdeki kurumların ve araştırmacıların işbirliğiyle, bir canlının tüm genom diziliminin üretilmesi, saklanması ve analizini sağlamak amacı ile Türkiye’de bilişim konusunda faaliyet gösteren ana kurumlardan Ulusal Elektronik ve Kriptoloji Araştırma Enstitüsü (TÜBİTAK-UEKAE) yürütücülüğünde, Gen Mühendisliği ve Moleküler Biyoloji Enstitüsü’nün (MAM-GMBE) ortaklığıyla TÜBİTAK Gebze Yerleşkesi’nde kurulmuştur. 

IGBAM 'ın genom dizileme ve analizleri kapsamında  kısa vadedeki hedefleri şu şekilde özetlenebilir: (i) genom verilerinin yeni nesil dizileme teknolojileri ile üretilmesi, (ii) yüksek hesaplama gücü ile donatılmış bilgisayar altyapısı kullanılarak genom verilenin analizi, (iii) analiz aşamasında gerekli olan yazılımların üretilmesi. Uzun vadede ise  yeni nesil DNA dizileme cihazlarının ve sarf kimyasallarının yurt içinde üretilmesi için gerekli olan teknolojik altyapıyı ve bilgi birikimini sağlamak hedeflenmektedir. 

DNA dizileme teknolojisinin hem ekonomik hem teknik açıdan büyük öneme sahip olması, bu konuda çalışan firmaların sayısının her geçen gün artmasına neden olmaktadır. Ülkemizin bu firmalar için bir pazar haline gelmemesi ve diğer pek çok laboratuvar ve sağlık cihazlarında olduğu gibi dışa bağımlı kalınmaması için bu konudaki çalışmalara ağırlık verilmesi ve gelişen teknolojinin yakalanması gerekmektedir.  IGBAM bu ihtiyacın karşılanması amacı ile araştırma-geliştirme aşamasından itibaren katma değer yaratarak Türkiye’nin teknolojik bağımsızlığını sağlamaya, sürdürmeye ve rekabet gücünü arttırmaya odaklı çalışmalar yapmaktadır.  Bu bağlamda, kurmuş olduğu altyapı ve edinmiş olduğu bilgi birikimi ile IGBAM, genom dizileme ve analiz konularında faaliyet gösterecek tüm kamu ve özel teşebbüslere öncü konumundadır.  

IGBAM laboratuvarlarının hayata geçmesinin ardından 2 yıllık süre içerisinde, 20 den fazla üniversite ve merkezle ortaklaşa yapılan çalışmalar kapsamında ~500 exome, ~20 tüm genom dizilemesi  ve analizleri yapılmış, ~30 farklı hastalık etkeni gen tanımlanmıştır. Yapılan analizler sonucunda 2 çalışma yayınlanmıştır, 10 çalışma ise yayına hazırlanmaktadır. İnsan genetiği konusunda önemli konferanslardan ESHG, ASHG ve SSIEM 'de poster sunumları yapılmıştır.  

IGBAM'ın temel hedeflerinde genom verilerinin analizi için mevcut teknolojileri kullanmak kadar yeni teknolojilerin üretilmesi de yer almaktadır.  Bu amaçla akraba evliliğine dayanan hastalıkların çözümlenmesi için homozigotluk haritalaması amacı ile HomSI isimli bir yazılım geliştirilmiştir. Geliştirilen yazılım biyoenformatik alanında en prestijli dergilerden Bioinformatics'te yayınlanarak akademik kullanıma sunulmuştur. IGBAM bünyesinde bir çok hastalığın çözümünde temel araç olarak kullanılan yazılım tüm dünyada da genetik uzmanları tarafından kullanılmaya başlanmıştır. 

Genom dizilemede yeni verinin üretilmesi kadar eski verilerin saklanması ve yeni verinin analizinde kaynak olarak kullanılması da çok önemlidir. Bu sebeple üretilen genom verilerinin saklanması ve araştırmacılara açılması gerekmektedir. IGBAM bünyesinde, Türk toplumununun genom verisinin bu amaçla kullanılması için genom veri bankası altyapısı oluşturulmaktadır.  IGBAM, kişisel başvurular ile henüz genel kullanıma açık olmayan genom veri bankasını  araştırmacıların hizmetine açmıştır.
Genom dizileme ve analizleri kapsamında kısa vadedeki hedeflerine 2 yıl gibi kısa bir sürede ulaşan IGBAM, uzun vadeli hedeflerine yönelmiştir. 

IGBAM projesi ile hayata geçen yeni nesil DNA dizileme altyapısı ve analiz bilgi birikimi birçok alanda ulusal öneme sahip stratejik milli araştırma projelerinin hayata geçirilmesini mümkün kılmıştır. Ayrıca merkezin varlığı ülkemizin AB Çerçeve programlarına katılımını ve büyük bütçeli uluslararası araştırma projelerinde yer almasını  da kolaylaştıracaktır.  IGBAM, başlangıçta sağlık konusundaki problemlere odaklanmış olsa da kurulan alt yapı farklı alanlardaki çalışmalara da destek verebilir:

• Biyolojik savaş ajanı olarak kullanılabilecek patojenik mikroorganizmaların genetik dizilerinin tesbit edilip veri bankaları oluşturularak bu tür tehditlere karşı hızlı teşhis ve tedbir yöntemlerinin geliştirilmesi.
• Yerli bitki ve hayvan ırklarının genom dizi bankaların oluşturulması ile hem genetik çeşitliliğin korumaya alınması hem de tarımsal ve hayvansal verimin artırılmasına yönelik çalışmalar yapılması.
• Çevre kirliliğini temizlemede kullanılabilecek bitki ve mikroorganizma türlerinin belirlenmesi ve verimliliklerinin artırılması.
• Alternatif enerji kaynağı olarak kullanılabilecek bitki ve mikroorganizma türlerinin belirlenmesi ve verimliliklerinin artırılması.

Resimler icin tıklayınız.